Esta laguna ocupa el cráter del Volcán Irazú y se ha convertido en un atractivo turístico importante por el particular color verde de sus aguas, que es debido a la combinación de los minerales que contiene, el agua y la luz.
Ha presentado cambios profundos en su coloración, temperatura, grado de acidez y profundidad desde 1965 hasta 2012, desde un verde claro y oscuro hasta un amarillo intenso e incluso blanquecino. Cuando su nivel ha sido muy bajo se ha observado un color café o incluso rojizo, producto probablemente, del intenso aporte de óxidos de hierro y otros componentes que degradan a esos colores. Esta variabilidad de color parece estar relacionada con la profundidad.
El nivel de profundidad ha cambiado desde los 31 metros en 1995 y 2001 hasta quedarse totalmente seca como sucedió principalmente en 1977, 1979, 1982-83, 1987 y 1990. Estos niveles no siempre se encuentran relacionados en forma directa con el grado de precipitación pluvial. En ciertos momentos, en el fondo impermeabilizado de la laguna, se forman grietas que permiten drenar relativamente rápido, dejando el fondo visible por varios meses o años, para que tiempo después se vuelva a formar debido a una nueva selladura de las mismas.
La temperatura del agua oscila entre los 16º y los 35º mientras que el pH entre 2,85 y 5,85.
Hay actividad de fumarolas subacuáticas, actividad de algas y formación de sedimentos ferruginosos producto de los constantes deslizamientos de las paredes. Este proceso de caída de materiales desde sus paredes internas ha producido un levantamiento del fondo por sedimentación. Uno de los mayores eventos ocurrió en febrero de 2003 y cambio rápidamente el color usual de su color. El incidente provocó alarma en guardaparques, medios y población sin embargo se debió a la caída de un segmento de la pared que colinda con el cráter Diego de la Haya. Productos de ese deslizamiento se observan ahora de manera clara en el fondo donde conformaron promontorios y aún preservan formas típicas de avalancha. Se sabe que la caída de materiales provoca arcillificacion en el fondo y por tanto sellamiento.
No se conoce
actividad freática en este lago desde los años 60, aunque se sospecha que hay fuga hacia las débiles
paredes que lo sostienen en las partes norte y noroeste. Este elemento es puede ser preocupante ya que en condiciones de lago
lleno la amenaza de avalanchas, aumentaría.
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