El clima es tropical húmedo a muy húmedo, caracterizado por fuertes lluvias a lo largo de todo el año, sin tener un periodo seco bien definido, y que además dura unas semanas. La temperatura promedio anual para las zonas planas ronda los 26 a 27 grados Celsius. Estas zonas se localizan en la parte norte y este del Refugio. En las zonas del sur y del oeste se registran unas temperaturas de 25 a 26 grados Celsius, por ejemplo en los Cerros Chaparrón y Las Crucitas.
En cuanto a la fauna del Refugio es típicamente neotropical y donde destacan la Lapa verde, el Manatí, el Jaguar y el Pez Gaspar, que constituye una de las últimas zonas donde habitan. El Manatí ha disminuido drásticamente en el lugar.
Existen unas 139 especies de mamíferos, como la Danta (Tapirus bardii), el Chanchio de monte (Tayassu pecari), el Tepezcuintle (Agouti paca), el Cabro de monte (Mazama americana), el Mono Congo (Alouatla palliata), el Mono colorado (Ateles geofroyi), el Perro de agua (Lutra longicaudis) y el Puma (Puma concolor).
De aves aparecen unas 424 especies, entre las más comunes se encuentran la Harpia harpyja, el Falco peregrinus, el Ara macao, el Ara ambigua, el Falco deiroleucus, el Spizastur melanoleucus, el Daptrius americanus y el morphnus guianensis. La lapa verde se encuentra en peligro de extinción a nivel mundial.
Los peces también están bien representados en unas 54-80 especies. Destacan el Tiburón Toro (Cacharrinus leucas), los Pargo, los roncadores, los cíclidos, las mojarras y los guapotes.
Chlelydra serpentina, croccodylus acutus, dendrobates pumilio, dendrobates auratus y phyllobates lugubris son los mejores representantes de los reptiles.
Podríamos dividir el refugio en dos zonas boscosas, el bosque intervenido elevado y el bosque ribereño.
En el Bosque intervenido elevado se encuentran unas 137 especies destacando la Caobilla (Crapa gulanensis), el Roble Coral (Terminalia amazonia) y la Fruta Dorada (Virola koshnyi).
La flora total cuenta con un porcentaje del 87'5% de especies de arbustos, de un 12'55% de herbáceos y de 8'5% de palmas. 141 especies de 50 familias diferentes y 106 géneros. Los árboles más comunes son: Almendro (dipterix panamensis), Aneo (qualea paraensis), Cocobolo (Vatairea lundelli), Jícaro (Lecythis ampla), Pilón (Hieronyma oblonga), Cola de Pavo (Hymenolobium mesoamericanum), Ajillo (Pithecelobium pedicellarme) y el Huesillo (Pinorea pubipebes).
Para llegar al Refugio se puede acceder por 4 vías de acceso, 3 de ellas por medio del "Refugio Chaparrón-Maquenque" y la otra por el sector "Las Crucitas.
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